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早年经历
西汉景、武年间时间不详，在黄河龙门的一个小康之家中，司马迁出生了。79司马迁的祖父司马喜在汉文帝诏入栗米受爵位以实边卒的政策下，用四千石栗米换取了九等五大夫的爵位，因此全家得以免于徭役。10
年幼的司马迁在父亲司马谈的指导下习字读书，十岁时已能阅读诵习古文尚书、左传、国语、系本11等书。汉武帝建元年间，司马谈到京师长安任太史令一职12，而司马迁则留在龙门老家，身体力行，持续着耕读放牧的生涯。7
学游天下
稍稍年长之后，司马迁离开了龙门故乡，来到京城长安父亲的身边。此时司马迁已学有小成，司马谈便指示司马迁遍访河山去搜集遗闻古事，网罗放失旧闻13。司马迁在二十岁时开始游历天下1421，他从京师长安出发东南行，出武关至宛。南下襄樊到江陵。渡江，溯沅水至湘西，然后折向东南到九疑。窥九疑后北上长沙，到汨罗屈原沉渊处凭吊，越洞庭，出长江，顺流东下。登庐山，观禹疏九江，展转到钱塘。上会稽，探禹穴。还吴游观春申君宫室。上姑苏，望五湖。之后，北上渡江，过淮阴，至临淄、曲阜，考察了齐鲁地区文化，观孔子留下的遗风，受困于鄱、薛、彭城，然后沿着秦汉之际风起云涌的历史人物故乡，楚汉相争的战场，经彭城，历沛、丰、砀、睢阳，至梁今河南开封，回到长安时任太史令的父亲司马谈身边。722
回朝为官
因为父亲司马谈的缘故，司马迁回京后得以仕为郎中2324。
汉武帝元鼎六年前111年，驰义侯授命平定西南夷，中郎将郭昌、卫广率八校尉之兵攻破且兰，平南夷。夜郎震恐，自请入朝称臣。汉军又诛邛君，杀笮侯，冉震恐，请臣置吏。随后汉武帝在西南夷设置武都、牂柯、越巂、沈黎、文山五郡。而此时正随汉武帝东行巡幸缑氏的司马迁在继唐蒙、司马相如、公孙弘之后，再次出使西南，被派往巴、蜀以南筹划新郡的建设。随后又抚定了邛、榨、昆明，在第二年回朝向武帝覆命2425。
父授遗命
汉武帝元封元年前110年春天，汉武帝东巡渤海返回的路上在泰山举行封禅大典。26作为参与制定封禅礼仪官员的司马谈却因病留滞在周南今湖北未能继续前行，更因此而心中愤懑以致病情加重。奉使西征的司马迁在完成任务后立即赶往泰山参加封禅大典，行到洛阳却见到了命垂旦夕的父亲。27
弥留之际的司马谈对司马迁说“我们的祖先是周朝的太史。远在上古虞舜夏禹时就取得过显赫的功名，主管天文工作。后来衰落了，难道要断送在我这裹吗你继为太史，就可以接续我们祖先的事业了。如今天子继承汉朝千年一统的大业，到泰山封禅，而我不得从行，这是命中注定的啊我死以后，你一定会做太史；做了太史，你千万不要忘记我要编写的论著啊。况且孝，是从侍奉双亲开始的，中间经过事奉君主，最终能够在社会上立足，扬名于后世，光耀父母，这是孝中最主要的。天下称颂周公，是说他能够歌颂周文王、武王的功德，宣扬周、召的遣风，使人懂得周太王、王季的思想以及公刘的功业，以使始祖后稷受到尊崇。周幽王、厉王以后，王道衰落，礼乐损坏，孔子研究、整理旧有的文献典籍，振兴被废弃了的王道和礼乐。整理诗、书，著作春秋，直到今天，学者们仍以此为法则。从鲁哀公获麟到现在四百多年了，其间由于诸侯兼并混战，史书丢散、记载中断。如今汉朝兴起，海内统一，贤明的君主，忠义的臣子的事迹，我作为太史而不予评论记载，中断了国家的历史文献，对此我感到十分不安，你可要记在心里啊”司马迁低下头流着泪说“小子虽然不聪敏，但是一定把父亲编纂历史的计划全部完成，不敢有丝毫的缺漏。”28
私淑古今贤
因为在长安任职，又逢“汉之得人，于兹为盛”的汉武盛世，司马迁得以结识汇聚于长安的天下贤能之士。29包括贾谊之孙贾嘉，公孙季功或为公孙弘，樊哙之孙樊他广，平原君朱建之子，冯唐之子冯遂，田叔少子田仁，梁人壶遂，杜陵苏建等。3036然而，对司马迁影响最大的莫过于董仲舒与孔安国。
司马迁与上大夫壶遂讨论文学之时曾说过“我听董生说周朝王道衰败废弛，孔子担任鲁国司寇，诸侯害他，卿大夫阻挠他。孔子知道自己的意见不被采纳，政治主张无法实行，便褒贬评定二百四十二年间的是非，作为天下评判是非的标准，贬抑无道的天子，斥责为非的诸侯，声讨乱政的大夫，为使国家政事通达而已”37。而纵观史记可知董仲舒之公羊学对司马迁的影响主要为其一，公羊家颂扬汤武革命，主张以有道伐无道，成为史记反暴政的思想基础；其二，公羊家“尊王攘夷“，主张“大一统“的思想，成为史记贯串全书的主要观念；其三，公羊家崇让、尚耻之义是史记褒贬历史人物的道德标准。38
因孔安国为孔子后人，家中有当世失逸的古文尚书十余篇，并兼通今古文学。故而司马迁亦尝就古文尚书问故于孔安国39，学习古文经学的故训，以及别择古文资料的古文学，掌握考信历史的方法。而古文尚书作为整个古文学的核心，司马迁写上古三代史亦从中作了大量的引用。38
司马迁曾在史记孔子世家给给予孔子“高山仰止，景行行止。”的高度赞扬。40其亦吸收孔子学说和六艺经传的精华，效法孔子精神，继春秋作史记，完成一代大典。38